しかし、彼がやっとの思いで手に入れたその兵器の正体は、なんと黒いハリネズミだった。

自らを究極の生命体と名乗る黒いハリネズミ：シャドウ。シャドウは、スペースコロニー：アークへとエッグマンを誘い、破壊兵器：エクリプスキャノンを使って全世界を支配しようとそそのかす。そしてその場に現れ、二人に協力を申し出る謎のコウモリ女、ルージュ。

かくして、たった３人による世界征服プロジェクトがスタートした...。