正義のヒーローとして知られる彼は、ある日突然、軍施設からの逃亡者として逮捕されてしまう。

軍の手を逃れ、街を行くソニックの前に現れる謎の黒いハリネズミ「シャドウ」。そしてその出現と共に次々と起こる謎の事件。宿敵Dr.エッグマンの世界征服宣言。

シャドウとエッグマンの繋がりを知ったソニックは、かつての仲間テイルス、ナックルズと共にエッグマンを追って宇宙へと旅立つ。